Die Orgel in der Kreuzkirche wurde von dem renommierten Orgelbauer D.A. Flentrop aus Zaandam (NL) erbaut und am 14. Juni 1959 geweiht. Sie enthält 21 Register auf Hauptwerk, Brustwerk und Pedal und stellt für die Darstellung vornehmlich barocker Musik eine der schönsten und besten Orgeln im Emsland dar. Im Zuge der letzten Kirchenrenovierung wurde sie im Sommer 1999 erstmals ausgereinigt und nachintoniert.
In der Geschichte der Kreuzkirche gab es drei Vorgängerinstrumente (1737, 1791 und 1880).